| Le vicende della nave CST "Spirit of Fire", comandata dal capitano Cutter e su cui sono in servizio il sergente Forge. Il gioco è ambientato nel 2531, 21 anni prima degli eventi narrati in Halo: Combat Evolved, e segue professoressa Anders e l'IA Serina.
Base Alfa
La storia di Halo Wars inizia il 4 febbraio 2531, quando la Spirit of Fire raggiunge la colonia di Harvest,e il capitano Cutter fa un breve resoconto: sono passati 5 anni da quando la guerra è iniziata sul pianeta, 5 anni di inferno e dolore. Il polo nord del pianeta Harvest, già pesantemente dannegiato, viene preso di mira dai Covenant. Su consiglio di Anders e Serina (risulta infatti che i Covenant abbiano trovato qualcosa nel ghiaccio), Cutter vuole indagare sul motivo che spinge gli alieni a concentrare le loro forze in quell'area e ordina al sergente Forge, che si trova sulla superficie del pianeta, di radunare le truppe disperse e riconquistare la base Alfa, ora sotto il controllo nemico, in quanto si trova molto vicino al sito in cui gli invasori hanno cominciato a estrarre dal ghiaccio una reliquia dei Precursori, la razza estinta che i Covenant venerano come Dei. Forge riesce nell'impresa e la base viene ricostruita.
La Reliquia
Un Arbiter di nome Ripa'Moramee era stato inviato personalmente dal Profeta del Rimorso a cercare la reliquia su Harvest; temendo che possa cadere in mani umane (probabilmente per non far scoprire il segreto della reliquia), il profeta ordina all'Elite di piazzare delle cariche e distruggerla. Scoperte le intenzioni dei Covenant, Forge e i suoi uomini partono dal punto d'appoggio della base Alfa, eliminano la resistenza nemica fino all'entrata della reliquia e distruggono il detonatore della bomba Covenant.
Dentro la Reliquia
Anders raggiunge la superficie e spara all impazzata, scortata da Forge, penetra nella reliquia, attivando una mappa galattica che indica il pianeta Arcadia; l'analisi viene interrotta dall'arrivo di un plotone di Elite. Per salvare Forge e Anders dagli alieni, due carri Grizzly vengono inviati nella reliquia; grazie all'abilità di Anders, il ponte di luce che portava all'esterno, danneggiato dai Covenant, viene ripristinato, e la squadra viene riportata a bordo della Spirit.
Città di Arcadia
La Spirit of Fire fa rotta su Arcadia come indicato dalla mappa stellare dei Precursori, e vi scopre un'invasione Covenant già in atto; Cutter manda Forge e altre truppe nella capitale Pirth ad aiutare la Squadra Rossa Spartan a proteggere i civili e le navi per l'evacuazione fino alla loro fuga.
Sobborghi di Arcadia
Compiuta la missione, le truppe CST abbandonano la città e piazzano una base in un cratere nella giungla, durante la missione i Covenant costruiranno una torretta potentissima, starà a te distruggerla con il supporto di alcuni rinforzi e le 2 squadre SPARTAN(rossa e omega), annientando le forze nemiche circostanti e assicurandosi un punto d'appoggio sul pianeta.
Cupola di Luce
I rilevamenti della Spirit indicano che i Covenant hanno piazzato sul pianeta un enorme scudo di energia a forma di cupola; per abbatterlo senza distruggere ciò che c'è sotto, vengono impiegati prototipi di carri armati Rhino al plasma, forniti dalla Pillar of Autumn. Forge e i suoi uomini scortano i carri in posizione in modo che abbattano parte della cupola, e il cannone CAM della Spirit distruggerà i generatori all'interno, finendo l'opera.
Scarab
In un'ubicazione sconosciuta chiamata Sito Apice, il Profeta del Rimorso si incontra con l'Arbiter e gli ordina di rapire Anders; pensa infatti che la professoressa potrebbe attivare la struttura in cui si trovano allo stesso modo in cui ha attivato quella su Harvest. Intanto, su Arcadia, Forge e i suoi uomini esplorano l'interno della cupola e si trovano a dover affrontare un immenso Super Scarab: la megamacchina da guerra, ancora in fase di costruzione, non può muovere le gambe, ma il cannone principale è perfettamente operativo e letale. Movendosi con attenzione, nascondendosi e danneggiando i nodi energetici che alimentano lo Scarab, La squadra UNSC riesce ad avvicinarsi e a distruggere il mostro.
Il Segnale di Anders
Mentre Forge e Anders esaminano i resti dello Scarab, l'Arbiter compare dal nulla, sconfigge rapidamente il sergente e rapisce la professoressa. A bordo della Spirit, Serina può ancora localizzare il segnale di Anders, che si trova a bordo di una nave Covenant sul punto di balzare nell'iperspazio verso destinazione sconosciuta. Su consiglio di Forge, vivamente preoccupato per Anders, e degli Spartan, Cutter decide di seguire la nave prima di perderla. La Spirit balza così nell'iperspazio e si ritrova nei pressi di un pianeta sconosciuto in una zona ignota della galassia. La presenza Covenant sulla superficie si limita ad alcuni branchi di Brute e Grunt, ma mentre Forge e altri uomini stanno esplorando, vengono attaccati da una mostruosa e proteiforme razza aliena parassita – i Flood – che sembra aver invaso gran parte del pianeta (probabilmente perché erano stati liberati inavvertitamente da qualche struttura di ricerca situata nei paraggi, anche se non viene espressamente rivelato). Dopo aver soccorso due carri Elephant con le relative squadre, Forge rende sicura la zona per il consolidamento di una base.
I Flood
La Squadra Rossa Spartan, esplorando la zona, rimane intrappolata in un'area infestata dal parassita; Forge prepara le sue truppe nella nuova base e va a soccorrerli. Nelle vicinanze c'è un'immensa Forma Cervello Flood, la cui presenza sembra interferire col segnale di Anders, così le unità CST la distruggono.
Pianeta Scudo
Anders è prigioniera dell'Arbiter e di Rimorso nel misterioso Sito Apice; quando l'Arbiter apprende che la Spirit of Fire è stata avvistata nelle vicinanze del portale d'entrata al Sito, ordina che il Profeta, per sicurezza, sia ricondotto alla città santa di Alta Opera. Frattanto la Spirit, seguendo il segnale di Anders sul pianeta, si trova su un oceano; improvvisamente, le acque si dividono formando un'immensa apertura e dei droidi volanti – le Sentinelle dei Precursori – ne escono per esaminare la nave, che viene attirata dentro il portale da una forza invisibile. Anche con tutta la potenza della nave, Serina calcola che non si potrà evitare a lungo di venire risucchiati, così Cutter ordina alle squadre di terra di tornare a bordo prima che sia troppo tardi; compito non facile, visto che molte truppe si trovano intrappolate in zone infestate dai Flood e devono prima essere soccorse. Alla fine, tutti riescono a tornare a bordo.
Purificazione
La Spirit viene trascinata nel portale, che si chiude dietro di essa, e si trova ad attraversare le viscere metalliche del pianeta; purtroppo l'infestazione Flood si sta diffondendo anche lì, e frammenti di biomassa parassita cominciano ad attaccarsi e a crescere sul ponte della nave, così Forge, con l'aiuto di uomini e veicoli, viene inviato all'esterno a combattere i Flood. Serina rivela inoltre un IA dei Precursori, che considera la nave infetta un potenziale pericolo e invia le Sentinelle a combattere non solo i Flood, ma anche gli umani, complicando la situazione; alla fine l'IA fa passare la nave attraverso una serie di strutture dette “anelli purificanti” che rimuovono le strutture Flood già danneggiate liberando la nave. Forge e i suoi uomini, riparandosi dentro la nave nei momenti opportuni, sfuggono all'azione degli anelli.
Riparazioni
La Spirit of Fire raggiunge il centro del pianeta artificiale, una gigantesca cavità tappezzata di continenti e oceani, un vero e proprio mondo dentro il mondo, al cui centro vi è un piccolo sole artificiale stabilizzato dal Sito Apice. Appena entrata la Spirit entra in collisione con un incrociatore Covenant, e il suo nucleo energetico viene danneggiato; Forge, ancora sul ponte, si assicura che le unità di riparazione Cyclops aggiustino il nucleo e coordina uomini e mezzi contro l'offensiva Covenant. Finita la riparazione, la Spirit può fuggire dalla zona.
Testa di Sbarco
L'Arbiter costringe Anders ad attivare il Sito Apice, che rivela il suo terrificante segreto: una gigantesca flotta di navi da guerra dei Precursori, con la quale i Covenant potranno facilmente annientare la razza umana. Approfittando della distrazione degli Elite, Anders fugge attraverso un teletrasporto dei Precursori e viene ritrovata dalla squadra di Forge e riportata in salvo sulla Spirit, dove studierà un piano per fermare i Covenant. Forge e i suoi uomini intanto consolidano una testa di sbarco sulla superficie distruggendo una serie di basi Covenant e piazzandoci basi umane, e vedendosela nel contempo anche coi Flood.
Reattore
Portando il reattore transluminale della Spirit al Sito Apice e facendolo esplodere, si potrebbe destabilizzare il sole e creare una piccola Supernova che distruggerebbe il pianeta, la flotta dei Covenant e i Flood; l'unico problema è che senza quel reattore la nave non può saltare nell'iperspazio e quindi non potrà tornare sulla Terra, ma visto che è in gioco il destino dell'umanità Cutter accetta il rischio. Il reattore viene trainato da un carro Elephant scortato dalla squadra di Forge fino in cima alla collina dove sorge l'Apice; nonostante gli attacchi di Covenant, Flood e Sentinelle, arriva sano e salvo e viene trasportato dentro la struttura.
Fuga
Mentre approntano il reattore, Forge e gli Spartan della Squadra Rossa vengono attaccati dall'Arbiter e dai suoi Elite; mentre gli Spartan pensano alle guardie, Forge affronta l'Arbiter riuscendo a ucciderlo. A quel punto il reattore si è surriscaldato e qualcuno deve rimanere a farlo esplodere manualmente. Convinto che gli Spartan siano necessari per la salvezza dell'umanita, Forge decide di rimanere lui sacrificandosi. Frattanto, la Spirit ha un problema: la vicinanza di forze Covenant e Flood ha attivato sciami di Sentinelle e fatto chiudere il portale di uscita dal pianeta, che potrà riaprirsi solo quando le presenze aliene vicine saranno distrutte. Visto che entro breve le forze Covenant raggiungeranno Forge e lui sarà costretto a detonare il reattore, le forze UNSC hanno solo 30 minuti per sconfiggere i nemici e disattivare le varie sezioni dello scudo energetico che ostruisce il portale. Compiuta l'impresa, Forge fa esplodere il reattore e il sole comincia a destablizzarsi, risucchiando tutto con la sua forza di gravità, forza che, su ordine di Cutter, Serina sfrutta per far proiettare la Spirit attraverso il portale lontano dal pianeta in esplosione. Dopo 2 settimane che non ci sono segni dei Covenant, l'equipaggio della Spirit si iberna nei tubi criogeni della nave, sapendo che potrebbero passare decenni prima di venire ritrovati.
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